Con la intención de dar continuidad a los encuentros de jóvenes investigadores, el grupo YAUDA llevó a cabo la segunda versión del evento considerando las relaciones interculturales que se han consolidado en el territorio amazónico a lo largo de la historia. Las mesas fueron diseñadas con el fin de abordar dichas relaciones desde diferentes temáticas, éstas fueron:
- Prácticas interculturales
- Estado, organizaciones no gubernamentales y sociedades amazónicas
- Ordenamiento territorial y ambiental – Ciudades amazónicas
- Extractivismo y economías alternativas
- Conflictos y movilización social
- Lenguajes y discursos
El Segundo Encuentro de Investigadores Jóvenes en Estudios Amazónicos tuvo lugar en la Universidad de la Amazonia entre el 24 y 26 de noviembre de 2016.